蚌埠医科大学档案馆成立于2024年4月，正处级建制，为学校档案工作职能管理部门。校史馆挂靠档案馆，馆内设档案科、编研科。馆舍位于龙子湖校区图书馆1楼、6楼，建筑面积1000余平方米，配有空调、复印机、电脑、打印机、碎纸机、密集架、档案柜、保密柜、防磁柜、灭火器、吸尘器等设备。

档案馆前身是学校综合档案室，成立于1998年11月，保管学校1958年建校以来党群、行政、教学、科研、基建、仪器设备、出版、外事、财会、实物、声像、学生等档案及有关资料。近年来，档案馆着力于档案基础业务建设和档案信息数字化建设，制定了完善的规章制度。2024年3月，学校被安徽省高等学校档案工作协会增补为理事单位。

馆址：安徽省蚌埠市东海大道2600号蚌埠医科大学龙子湖校区图书馆6楼

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